Благодаря кипучей деятельности и организаторскому таланту И.А.Ковылина Преображенский старообрядческий монастырь к концу ХVIII столетия становится духовным центром не только федосеевцев Москвы, но и всей России. Побывав дважды в Выговском монастыре ( знаменитая обитель, основанная братьями Денисовыми в Заонежье) он взял оттуда не только принципы обустройства общежительства, правила соборной жизни и молитвы, но и духовные культурные традиции, при этом нужно отметить, что первые певчие , и принесенные ими многие правила богослужения были привезены из Стародубья с Покровско-норской обители (ныне Злынка, Брянской обл.), образовавшейся после закрытия общины федосеевцев в Гудишках. Как известно, в то время старообрядческие типографии были под запретом, поэтому в староверской среде продолжалась традиция рукописной книги. Свято берегли и сохраняли дораскольные печатные издания. При обители были организованы мастерские по переписыванию книг, здесь получил свое продолжение поморский стиль письма и орнаментики книг. Один из духовных руководителей Преображенского кладбища (монастыря) Сергей Семенович Гнусин был известным федосеевским писателем в первой половине ХIX в. (умер 1839 г.). Его «Новые Пандекты» расходились в списках по всей Руси, он имел огромный авторитет не только среди насельников Преображенского кладбища, но во всем федосеевском согласии ( см. публикации Е.А.Агеевой, Е.М.Юхименко). Таким образом на Преображенском сложилась традиция не только переписывания книг, но и богословской полемики, которая непрерывно велась, как и в отношении господствующей церкви, так и внутри староверских согласий.
Ныне на территории бывшего монастыря мирно сосуществуют старопоморская и поморская общины ( первая занимает бывший Женский двор монастыря, вторая- Мужской двор). Федосеевская (старопоморская) община соблюдает монастырские законы преждебывшей обители и по ее правилам в молении участвуют только находящиеся в братии, т.е не живущие в браке, не смешивающиеся с миром и т.д. В поморской общине разрешают молиться, находящимся в браке, но с уважением относятся к строгим монастырским правилам федосеевцев, нет конфликта между приходами. Но конец ХVIII и весь XIX в. были временем напряженной полемики между поморцами и старопоморцами. В основном это был вопрос о безсвященном браке, который федосеевцы не принимали, даже в форме «благословения на брак», т.е. чтения молебна за брачующихся. Этим спорам посвящен большой корпус рукописного наследия Преображенского. Другой серьезной темой внутри старопоморского согласия было отношение к «новоженам» и «староженам», т.е. к тем, кто женился после принятия крещения в Старую веру или до этого. Главным вопросом был – можно ли их принимать на общую молитву или нет. В разные времена соборы федосеевского согласия корректировали по строгости правила их приема на молитву. Всегда острой в беспоповских согласиях была тема замирщения, т.е. смешения с нехристианским миром в общении (в еде, молитве, праздных удовольствиях, не соблюдении церковных правил). Этой теме посвящена тоже большая часть староверской рукописной литературы.
Особым направлением староверской литературы была тема толкований наступления последних времен и Второго пришествия Христова. Тема наступления антихристова царства, знамений о последних временах были важной в идеологической концепции беспоповцев. Через понимание наступления царства антихриста и понималось причина лишение (утрата) истинного священства, существование вдовствующей (без трехчинной иерархии) Церкви гонимой. Как правило эти сочинения находились в рукописных сборниках (цветниках). Иногда в сборник входили разные темы, иногда он посвящался материалам одной темы, например, об антихристе или о браке, о лжепастырех, о священстве и т.д. Особо популярным среди беспоповцев был Толковый Апокалиспсис, наиболее колоритными являются его лицевые списки, т.е. с книжными миниатюрами.
Но особо интересной традицией, связанные с Преображенским являются лицевые иллюстрированные апокалиптические сборники, их происхождение до сих пор не исследовано. Но скорее всего по уровню письма, полемики, иллюстраций они связаны с Преображенской рукописной традицией. Известно несколько копий рукописей, одна хранится в ГИМ-е, вторая в Национальной библиотеке Латвии, еще две — в частных коллекциях. Предстоит еще исследовать фонды известного собирателя древностей федосеевца Е.Е.Егорова в Рукописном отделе РГБ.
Преображенский монастырь был не раз местом проведения соборов федосеевского согласия. Наиболее известный из них Собор 1883г. Его труды и решения были собраны и подготовлены к печати известным начетчиком Е.Я.Каревым в форме книги «Красный устав» и изданы на гектографе (возможно, и в другой технике) в количестве 200 экз. Поскольку на Соборе не все были согласны с некоторыми главами книги «Красный устав» до сих пор существует внутренняя полемика по определенным вопросам издания. В любом случае, это издание стало частью преображенской традиции. Есть мнение, что «Красный устав» — это самостоятельное издание Е.Я.Карева.
Также большое значение среди федосеевцев имело сочинение Трофима Ивановича Кинешемского второй половины ХVIII в. «Начало и совершение жития христианского» (см. Вторые Ковылинские Преображенские чтения, статья Д.В.Пересторонина, Д.Н.Канаева), как и «Отеческие завещания» Ивана Алексеева.
Особым направлением преображенской рукописной традиции являлись певческие рукописи наонной традиции , как правило, они украшались орнаментом выговского поморского стиля.
На клиросах моленных обители неизменно сохранялся древний наонный напев. Лучшими печатными певческими книгами являются издания Ирмосы, Октай, Обиход типографии Преображенского Богаделенного дома, изданные в духе выговской рукописной традиции. Однако нужно добавить, что к этому времени уже сформировался свой извод преображенской выговской традиции, который подлежит изучению.
В 1907 г. после «Манифеста о веротерпимости» попечитель Московской федосеевской общины Г.К.Горбунов создал на ул. 9-я Рота рядом с обителью типографию (здание цело и поныне, занято нецерковными организациями). За короткий период времени (1907-1918 гг.) типография выпустила все необходимые вероучительные, певческие и богослужебные книги, необходимые для полного совершения богослужебного круга. Было закуплено самое современное типографское оборудование, в том числе для цветной печати. Лицевые книги «Толковый Апокалипсис» (72 книжных миниатюры с рукописи ХVI в.), «Поморские ответы» с орнаментом выговской традиции, с изображениями двуперстного сложений с дораскольных икон и книг, восьмиконечного креста и другими символами Старой веры, стали шедеврами полиграфического мастерства того времени. Такими же художественно интересными, продолжающими староверскую традицию книжных рукописных миниатюр стали издания книг «Страсти Христовы», «Мытарства Феодоры», «Прения живота со смертию» и др. Тогда же были напечатаны такие редкие книги, как «Стоглав», «Торжественник», «Четь минеи» на 12 месяцев, до этого имевшие бытование только в рукописном виде в староверской среде. Издания Горбуновской типографии славились красивым, легко читаемым церковно-славянским шрифтом (его автор Л.А.Гребнев, основатель типографии в с. Тушка, Вятская губерния), качественной корректурой (почти отсутствием опечаток), хорошим переплетом. Книги расходились по всей России, торговые представители типографии были на Нижегородской ярмарке, на Нижней Печоре (с.Усть-Цильма), на Урале, в Сибири. Бытование книг преображенской печати удивляет – от Прибалтики до Дальнего Востока. В 1918 г. типография была закрыта советской властью и на долгие годы Преображенская обитель перестала быть издательским центром беспоповцев России. О богатстве книжной культуре Преображенского говорят богатейшие собрания купцов-меценатов, таких как попечитель Е.Е.Егоров (публикации, Е.А.Агеевой, Т.В.Игнатовой, Е.М.Юхименко). В настоящее время трудами Отдела Рукописей РГБ выпущено 2 тома описания собрания Е.Е.Егорова Т.В.Анисимова (под ред. Ю.С.Белянкина). Собрание купца Хлудова (находившееся в отобранном у староверов в 1854 г. Мужском дворе монастыря) также является жемчужиной рукописного собрания ГИМ (Москва).
Несмотря на суровость атеистической власти советского периода, некоторая издательская деятельность в стенах Преображенского монастыря продолжалась. Советское государство оставило возможность староверам делать лишь одно церковное издание в год – это был Старообрядческий Поморский Календарь. Хотя формально редакция Календаря находилась в Рижской Гребенщиковской Старообрядческой общине, окончательное одобрение состава материалов обычно происходило на совещании в Преображенском монастыре в течение периода с 1945 по 1984 гг. Со стороны федосеевцев редакцию обычно представлял многолетний председатель общины, известный библиофил Михаил Иванович Чуванов, от Московской Поморской общины Н.В. и А.В. Хвальковские, от Латвии И.Н.Заволоко и Л.С.Михайлов (позднее А.Н.Жилко), от Литвы И.И.Егоров.
В настоящее время многие редкие книги Преображенского монастыря принадлежат известным частным коллекциям. Некоторые из них опубликованы в фундаментальном труде Е.М.Юхименко «Старообрядчество. История и культура», М., 2016.
С начала 1990-х гг. государство стало возвращать здания монастыря приходам старопоморской (Женский двор), и поморской (Мужской двор) общин, существующих в храмах бывшей обители. Возобновилась и книжная и издательская деятельность староверов Преображенского. В конце 1990-х вышла монография секретаря Совета приходов общин Преображенского монастыря кандидата философских наук М.О.Шахова «Философские аспекты староверия», которая стала новым этапом в осмыслении богословской традиции беспоповцев. Продолжением тех идей, которые были заложены в известных сочинениях ХVIII столетия: «Меч духовный», «Щит веры», «Поморские ответы». Затем монография была переиздана в дополненном и переработанном виде «Старообрядческое мировоззрение», М.,2001. В 2016 году книга с дополнениями и исправлениями еще раз была издана под названием « Религиозно-философские основы старообрядческого мировоззрения» М., 2016.
В 1995 г. в помещениях, представленных Московской Старопоморской общиной было создано Старообрядческое издательство «Третий Рим» (главный редактор М.Б.Пашинин). Первой книгой, вышедшей в издательстве символично стал Часослов, репринт с оригинала издания Преображенской печати ( в настоящее время уже библиографическая редкость). За последние 25 лет издательство «Третий Рим» выпустило самостоятельно или совместно с другими издательствами многие необходимые в богослужении книги: Псалтырь, Евангелие, Апостол, Пролог, Устав домашней молитвы, Канонник и т.д. В качестве оригиналов для макетов книг брались образцы изданий преображенской печати. Последним большим проектом издательства «Третий Рим» стал выпуск 12 месячных четь миней, опять таки воспроизведенных с оригиналов типографии Преображенского богаделенного дома. В 2004 г. издательство выпустило книгу «Зерцало таинств и конца всемирнаго», существовавшую доныне только в рукописной традиции. Книгу подготовил к печати головщик Рижской Гребенщиковской Старообрядческой общины Е.А.Григорьев. Богато иллюстрированный эсхатологический сборник, оригинал которого хранится в Рукописном отделе Национальной библиотеки Латвии (есть также экземпляр в ГИМе, Москва), является ярким примером федосеевской полемической традиции.
Кроме изданий необходимых для начального воспитания (Учебник по Закону Божию, Краткий молитвослов, Азбука и т.д.) издательство «Третий Рим» занимается старообрядческими культурно-просветительскими проектами. В 2015 г. был издан богато иллюстрированный альбом «Старообрядческая Поморская община Нарьян-Мара». Содержание книги гораздо шире названия, издание посвящено в целом Староверию Севера, истории Выговской пустыни, строительству и освящению памятных часовен в Пустозерске, истории Соборов Поморской Церкви и т.д. Другим крупным проектом стало издание альбома «Культурное и и историческое наследие старообрядцев Восточной Европы» М., 2017. Книга посвящена духовным связям и традициям староверов Прибалтики и Польши с Московским Преображенским монастырем. В 2018 г. в издательстве «Третий Рим» вышел богато иллюстрированный альбом «Староверский край Усть-Цильма». В издании освящены духовные и культурные традиции староверов Севера. Книжность, иконописание, иконное медное литье, история и современность поморцев Усть-Цильмы, их связь с Выговской традицией.
Существующий с 2010 г. в помещениях Преображенского монастыря «Культурно-Паломнический центр имени протопопа Аввакума» (руководитель М.Б.Пашинин) последние годы активно реализует старообрядческие культурно-просветительские проекты, в том числе конференции, фотовыставки, публикации, посвященные как истории Преображенской обители, так и общестарообрядческим темам, озвученным на международных форумах. В октябре 2014 г. в стенах Московского Историко-Архивного института (РГГУ) впервые прошли Ковылинские чтения, посвященные истории Преображенского монастыря, организованные КПЦ при содействии руководителя Всероссийского Краеведческого движения к.и.н. В.Ф.Козлова. В Чтениях участвовали ведущие специалисты по истории староверия, искусствоведы, краеведы, духовные отцы и прихожане староверских общин. Около 20 докладов с приложениями были опубликованы издательством «Третий Рим» в 2017 г. В 2019 г. 3 июня сомтоялись Вторые Ковылинские Преображенские чтения в Доме Русского Зарубежья, в нем принял участие председатель Российского Совета Древлеправославной Поморской Церкви о. В.В.Шамарин, а также руководитель Совета общин Старопоморского согласия К.В.Кожев. В сентябре 2019 г. вышел сборник Конференции, в него вошло 26 докладов по истории Московского Преображенмкого монастыря, из них половина авторов – староверы беспоповцы.
В 2016 г. в Московском Доме Национальностей прошла Международная конференция «Старообрядчество, государство и общество в современном мире». Впервые староверы всех основных согласий сели за общий стол и обсудили насущные вопросы староверия современности. Сборник материалов вышел в этом же году. В 2018 г. прошел еще более представительный Всемирный Старообрядческий Форум в Доме Русского Зарубежья, где собрались свыше 200 представителей Староверия регионов России и Зарубежья. Издательством «Третий Рим» также был опубликован сборник материалов Форума.
Статьи исследователей истории Преображенского староверия регулярно появляются в сборниках под редакцией Е.М.Юхименко, в материалах конференций, проводимых под руководством В.И.Осипова, Археографической лабораторией МГУ, под руководством Н.В.Литвиной, в трудах других исторических форумах Москвы, Санкт-Петербурга, Риги, Вильнюса, и т.д. В настоящее время встал вопрос о систематизации материалов по истории Московского Преображенского Старообрядческого монастыря для более углубленного изучения его духовного и исторического наследия.